El año 1848  el  Presidente  de  Chile, Don Manuel Bulnes, solicitó, por  intermedio  de  Don Ramón Luis Irarrázaval, a quien   designó   como Embajador Extraordinario y  Ministro Plenipotenciario ante la Santa Sede, el  envío  a  Chile   de   un  gran  número  de  misioneros  para  que emprendieran  una  labor de evangelización en la región de Araucanía.

El  23  de  octubre  de 1848,  después  de cinco  meses de navegación, llegan a Valparaíso los doce primeros sacerdotes  misioneros   de   la   Orden Capuchina  de    nacionalidad italiana,  entre  los cuales,  también  venía el primer sacerdote capuchino bávaro, Padre Tadeo Schmalzl.

No era empresa fácil la que tenían que emprender y venciendo un sin número de dificultades y firmemente apoyados en  su  fe,  en su condición de apóstoles y su afecto a  la  raza  araucana, lograron internarse en la escabrosa zona del Cautín y del Toltén e instalar Misiones en el corazón mismo de la Araucanía.

Pronto descubren que es imprescindible atender a la educación de los niños y jóvenes por lo que deciden crear las primeras escuelas e internados, conocidas como las escuelas misionales.

El Padre Constancio se instaló en la Misión “Bajo Imperial”, (comuna de Saavedra) donde fundó la primera escuela misional denominada “Stella Maris”, en el año 1851 y al cabo de unos meses de funcionamiento logró una matrícula de 28 alumnos, cien por ciento mapuche, los que junto con los aprendizajes de lectura y escritura, aprendían también catecismo y matemáticas.

Los primeros profesores  de  estas  escuelas  fueron  los  propios capuchinos y algunos laicos a quienes tomaron como ayudantes.

Como  es  de suponer, las primeras escuelas funcionaron en locales improvisados, que no contaban con las más mínimas comodidades para albergar a los alumnos que con mucho susto reflejado en sus  infantiles rostros, acudían, muchas veces, no por su propia voluntad.

“...Para la civilización de la Araucanía necesitamos escuelas, escuelas y otra vez escuelas...”

Así señalaba una carta enviada, al Gobierno de Chile en el año 1913, por los sacerdotes Guido Beck de Ramberga y Jerónimo de Amberga, primer párroco de Padre Las Casas.

El padre Jerónimo y muchos otros misioneros creían que la organización escolar era cosa del Estado, y que a los misioneros les correspondía, únicamente, preocuparse de las buenas relaciones con el profesorado y de hacer clases de religión. Pero debido a que el gobierno no estaba en condiciones de crear la cantidad necesaria de escuelas, y menos todavía podía encontrarse el número correspondiente de maestros, se tomó la resolución de aumentar las escuelas misionales y preparar laicos comprometidos para la tarea de educar.

Todos los proyectos y los esfuerzos que demandaba la construcción  y mantención de las escuelas e internados, los párrocos los conversaban con Monseñor Guido y con sus profesores quienes, además, desempeñaban  la función de catequistas y en conjunto analizaban las diversas dificultades que con frecuencia se presentaban. Entre éstas la Ley  que el Congreso aprobara a fines de  1936 y que establecía  un  sueldo  vital  para  los empleados   particulares,   incluyendo entre   ellos a  los  profesores particulares.

Las  disposiciones  de  esta  Ley  ponían  en  eminente peligro la existencia de la labor educativa que estaba desarrollando el Vicariato, pues los recursos con que se contaba no eran suficientes para dar cumplimiento  a  la  Ley y continuar sosteniendo todas las escuelas.

Así, poco a poco, surgió  en  algún  lado  la  idea  de unirse con sacerdotes y profesores de otras parroquias que vivían la misma realidad y formar con ellos una agrupación que incluyera a todas las escuelas que por esos años, alcanzaban a un número no inferior a 50. Si los profesores se unían y elegían un Directorio que tendría a su cargo la  organización  y administración de esta agrupación, ajustándose a  lo  establecido  en el Código Civil asegurarían el derecho a obtener de una forma más rápida las subvenciones del Estado, que por ley debía pagarse a todas las escuelas particulares del país que impartían enseñanza gratuita.

Pero los que tomaron finalmente la decisión y crearon la Corporación del Magisterio Primario de la Araucanía, fue un grupo muy reducido de profesores de Padre Las Casas  y sus alrededores,  asesorados  por   dos sacerdotes capuchinos. Eligieron un Directorio  y  lo  facultaron  para  que elaborara  los primeros Estatutos.

La primera reunión, se realizó el 3 de enero de 1937,  fecha en que se firmó el decreto de su creación, respondiendo a la necesidad de dar educación a los niños y jóvenes campesinos y mapuches de  Araucanía, en algunas zonas de las Provincias de Malleco, Cautín, en la Región de La Araucanía y, Valdivia en la Región de Los Rios, con el propósito de agrupar en una sola entidad, a las numerosas escuelas parroquiales que laboraban en forma independiente en ese mismo territorio. Nacía entonces, la Corporación del Magisterio Primario de La Araucanía. Sus estatutos fueron aprobados por Decreto Supremo Nº 2.946, del 15 de junio de 1938 del Ministerio de Justicia, fecha en que el Gobierno concedió Personalidad Jurídica.

Esta institución nació por la iniciativa de un grupo de profesores católicos y el excelentísimo Señor Obispo Guido Beck de Ramberga, vicario apostólico de la iglesia de  Araucanía en esa época.

Su organización facilitó enormemente la tarea de mejoramiento y ampliación de la obra educacional del Vicariato, creando numerosas escuelas y colegios, y manteniendo incluso, aquellas de escasa matrícula, ubicadas en las zonas más apartadas de los sectores rurales de difícil acceso.

Un año después, en abril de 1938, el Consejo de Defensa Fiscal estimó que debía ser Fundación en atención a que “el objeto de la institución no va a redundar en beneficio de los organizadores o miembros como es el caso de las corporaciones, sino en el de la colectividad en general…”

Es así, como ya en 1944 se impartía instrucción en 9 liceos y 218 escuelas primarias a más de 20.000 alumnos. Y, en 1946, cuando se cumplió el cincuentenario de la llegada de los Capuchinos Bávaros, existían en el Vicariato 19 internados con más de 12.000 alumnos, una planta de 145 profesores seglares y 196 religiosas dedicados a la enseñanza.

A los estatutos con los cuales se dió origen a la institución, se les han realizados las modificaciones necesarias de acuerdo a los requerimientos de los tiempos modernos. Una de estas Reforma fue aprobada por Decreto Supremo Nº 1028, del 17 de octubre de 1995 y otra, el año 2000, donde se introducen nuevas modificaciones, siendo aprobados por el Ministerio de Justicia a través del Decreto Supremo Nº 227, del 28 de febrero de 2002. Este estatuto es el que rige actualmente a la Institución

Hoy son 111 establecimientos entre escuelas y liceos que atiende a más de 19.000 alumnos y a más 2000 profesores en las regiones de de La Araucanía y de Los Rios y el estado le entregó bajo la modalidad de Administración Delegada un Liceo Técnico Femenino con 1.100 alumnas

Es dirigido por tres representantes de los profesores socios y tres sacerdotes representantes de la Iglesia Católica.